一、流動相不同

　　HPLC為液體流動相，GC為性氣體作流動相（通常叫做載氣）。

　　二、色譜柱長不同
　　（1）氣相色譜柱通常幾米到幾十米。
　　氣相色譜儀由于載氣的相對分析量較低，分子間隙大，故粘度低，流動性好，組分在氣相中流動速度快，因此可以增加柱長，以提高柱效）。
　?。?）液相色譜柱通常為幾十到幾百毫米。
　　三、分析種類有差異
　　氣相色譜儀分析的對象多為（不適）：分子質(zhì)量小于1000，低沸點，易揮發(fā)，熱穩(wěn)定性好的化合物。
　　液相色譜：更適用于分析高沸點，難揮發(fā)，熱穩(wěn)定性差，分子質(zhì)量較大（1000-2000）的液體化合物。
　　四、樣品柱前變化不同
　　氣相色譜的樣品在柱前應當變?yōu)闅怏w（氣化室汽化），而液相色譜的樣品在柱前則無變化。
　　五、所用檢測器有差異
　　液相主要為：紫外檢測器、熒光檢測器、示差折光檢測器。
　　氣相色譜儀主要為：氫火焰離子化檢測器（FID）、熱導檢測器（TCD）、電子捕獲檢測器（ECD）、火焰光度檢測器（FPD）、氮磷檢測器（NPD）。